সাবেক সরকারি জগন্নাথ কলেজ ২০০৫ সালে ৪টি অনুষদের অধীনে (কলা, বিজ্ঞান, ব্যবসায় শিক্ষা ও সামাজিক বিজ্ঞান অনুষদ) ২০টি বিভাগ নিয়ে জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় নামে যাত্রা শুরু করে।
এর মধ্যে কলা অনুষদে বাংলা, ইংরেজি, ইতিহাস, ইসলামের ইতিহাস ও সংস্কৃতি, ইসলামিক স্টাডিজ, দর্শন বিভাগ; ব্যবসায় শিক্ষা অনুষদে একাউন্টিং ও ম্যানেজমেন্ট বিভাগ; বিজ্ঞান অনুষদে উদ্ভিদবিজ্ঞান, রসায়ন, ভূগোল ও পরিবেশ, গণিত, পদার্থবিজ্ঞান, মনোবিজ্ঞান, পরিসংখ্যান ও প্রাণিবিদ্যা বিভাগ এবং সামাজিক বিজ্ঞান অনুষদে অর্থনীতি, রাষ্ট্রবিজ্ঞান, সমাজবিজ্ঞান ও সমাজকর্ম বিভাগ অন্তর্ভুক্ত ছিল।
পরবর্তীতে ২০০৬-০৭ শিক্ষাবর্ষ থেকে ব্যবসায় শিক্ষা অনুষদভুক্ত ফিন্যান্স এবং মার্কেটিং বিভাগ, ২০০৮-২০০৯ শিক্ষাবর্ষ থেকে সামাজিক বিজ্ঞান অনুষদভুক্ত নৃবিজ্ঞান ও গণযোগাযোগ ও সাংবাদিকতা বিভাগ এবং কলা অনুষদভুক্ত আইন বিভাগ চালু হয়। ১৩/০৩/২০১০ থেকে একাউন্টিং ও ম্যানেজমেন্ট বিভাগের নাম পরিবর্তন করে যথাক্রমে ‘একাউন্টিং অ্যান্ড ইনফরমেশন সিস্টেম বিভাগ’ ও ‘ম্যানেজমেন্ট স্টাডিজ বিভাগ’নামকরণ করা হয়।
২০০৯-১০ শিক্ষাবর্ষ থেকে বিজ্ঞান অনুষদভুক্ত কম্পিউটার সায়েন্স অ্যান্ড ইঞ্জিনিয়ারিং, মাইক্রোবায়োলজি অ্যান্ড বায়োটেকনোলজি ও ফার্মেসি বিভাগ চালু করা হয়। ২০১২-১৩ শিক্ষাবর্ষ থেকে মাইক্রোবায়োলজি অ্যান্ড বায়োটেকনোলজি বিভাগের নাম পরিবর্তন করে মাইক্রোবায়োলজি বিভাগ নামকরণ করা হয়।
২২/০৬/২০১১ তারিখের একাডেমিক কাউন্সিলের ১৫-তম সভার সিদ্ধান্ত অনুসারে ২৭/০৬/২০১১ তারিখের ৩৯-তম সিন্ডিকেট সভায় অনুমোদনক্রমে কলা অনুষদভুক্ত আইন বিভাগ নিয়ে আইন অনুষদ; বিজ্ঞান অনুষদভুক্ত রসায়ন, গণিত, পদার্থবিজ্ঞান, পরিসংখ্যান ও কম্পিউটার সায়েন্স অ্যান্ড ইঞ্জিনিয়ারিং বিভাগ নিয়ে বিজ্ঞান অনুষদ এবং উদ্ভিদবিজ্ঞান, ভূগোল ও পরিবেশ, মনোবিজ্ঞান, প্রাণিবিদ্যা, মাইক্রোবায়োলজি অ্যান্ড বায়োটেকনোলজি ও ফার্মেসি বিভাগ নিয়ে লাইফ অ্যান্ড আর্থ সায়েন্স অনুষদের কার্যক্রম শুরু হয়।
২০১০ সালের জুলাই থেকে সেন্টার ফর ইংলিশ ল্যাংগুয়েজ, ২০১৩-১৪ শিক্ষাবর্ষে কলা অনুষদের অধীনে ড্রামা অ্যান্ড মিউজিক বিভাগ, ফাইন আর্টস অ্যান্ড গ্রাফিক্স বিভাগ, সামাজিক বিজ্ঞান অনুষদের অধীনে লোক প্রশাসন বিভাগ এবং ২০১৫-১৬ শিক্ষাবর্ষে ফিল্ম অ্যান্ড টেলিভিশন বিভাগ চালু করা হয়। এছাড়াও ২০১৫-১৬ শিক্ষাবর্ষ হতে শিক্ষা ও গবেষণা ইনস্টিটিউট চালু করা হয়েছে।
২০১৬-১৭ শিক্ষাবর্ষে আইন অনুষদের অধীনে ভূমি আইন ও ব্যবস্থাপনা বিভাগ, লাইফ অ্যান্ড আর্থ সায়েন্স অনুষদের অধীনে বায়োকেমিস্ট্রি অ্যান্ড মলিকুলার বায়োলজি বিভাগ ও জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিং অ্যান্ড বায়োটেকনোলজি বিভাগ চালু করা হয়েছে।
১৬/০৪/২০১৫ তারিখে ‘ফাইন আর্টস অ্যান্ড গ্রাফিক্স বিভাগ’-এর নাম পরিবর্তন করে ‘চারুকলা’ বিভাগ এবং ২০১৬-১৭ শিক্ষাবর্ষ থেকে ‘ড্রামা অ্যান্ড মিউজিক বিভাগ’-কে পৃথক করে ‘সংগীত বিভাগ’ ও ‘নাট্যকলা বিভাগ’ নামে দুটি স্বতন্ত্র বিভাগ চালু করা হয়। ২০১৭-১৮ শিক্ষাবর্ষ হতে সেন্টার ফর ইংলিশ ল্যাংগুয়েজ বিলুপ্ত করে ইনস্টিটিউট অব মডার্ন ল্যাংগুয়েজেস চালু করা হয়।